孕妇和胎儿通过胎盘实现物质交换，大多数药物均能经胎盘进入胎儿体内，尤其是一些脂溶性大、小分子的药物更易经胎盘转运入胎儿体内,药物还可以通过胎儿吞噬羊水自胃肠少量吸收。另外由于胎儿的肝脏发育不完善,药物代谢酶缺乏,对药物的解毒能力较低,胎儿的肾小球滤过率低,药物及降解产物排泄延缓，所以药物易在胎儿体内蓄积。所以药物易对胎儿造成影响。
药物对胎儿的影响取决于用药时胎儿所处的发育阶段，不同时间用药产生的后果是不同的：
1、受精前到妊娠第4周末：在此期间药物对胚胎的影响是“全”或“无”的。“全”即有害药物可全部或部分破坏胚胎细胞，致使胚胎早期死亡，导致流产；“无”即有害药物并未损害胚胎或仅损害少量细胞，但此期的细胞具有多向分化能力，可以补偿、修复损害的细胞，胚胎仍可继续发育，不出现异常。故此期属于用药的安全期，如果药物确实对受精率造成影响，会在着床前自然淘汰。
2、妊娠第4周到第9周：此期间是胎儿的重要器官，如中枢神经系统、心脏、眼睛、四肢等开始形成的时期，也是对药物最为敏感的时期，胎儿极易受药物等外界因素影响而导致畸形。
3、妊娠第10周到分娩：这一时期是胎儿生长及功能完善的阶段，但是神经系统、生殖系统仍在继续分化。当受到有害药物作用后，可能造成胎儿宫内发育迟缓( IUGR)、低出生体重、功能行为异常、早产等。
由于妊娠期用药不当可能会造成严重后果，所以应遵循以下原则用药：
1、用药时必须注意孕周大小，在孕初3个月要慎之又慎，能够不用或可停用的药物应不用或停用，可用可不用的药物应尽量不用，可以推迟治疗的则推迟治疗，不得不用时应尽量采用对药物代谢有清楚说明的药物。
2、根据药物可能对胎儿影响程度不同，选择对胎儿影响最小的药物，能单独用药治疗的避免联合用药。
3、用药时应严格掌握剂量及持续时间，尽可能使用最低有效剂量，用药时间尽可能短，分娩时用药应考虑对新生儿的影响。
4、当孕妇病情确需对胎儿有影响的药物时，应充分权衡利弊后使用，根据病情随时调整用量，及时停药。
5、中药的妊娠期应用主要依据我国古代医学对妊娠期用药危险性的认识，但在历代重要医药文献所记载的妊娠禁忌药中，不同文献记载多有不同。主要应禁用乌头、附子、巴豆、芫花、大戟、水蛭、虻虫、蜈蚣、雄黄、雌黄、牵牛子、麝香等。
